Первые поселения, как показывают археологические раскопки, в районе современных Набережных Челнов были основаны племенами срубной культуры ещё в середине III тысячелетия до нашей эры, в эпоху бронзового века.

Первым продолжившим непрерывную историю до современности поселением на месте города был основанный в 1626 году Чалнинский починок (впоследствии село Мысовые Челны, а с 1930 года — Красные Челны). Сейчас это территория микрорайона Бумажников. Сам город вырос из основанного чуть позже соседнего села Бережные Челны.

В русских летописях Бережные Челны впервые упоминаются в 1626 году - именно тогда в дворцовом селе Елабуге образовалась «община из новых крестьян елабужан» во главе с Федором Поповым. В том же году «Попов с пятью дружественным семейством, перейдя через реку Кама, засел на готовые дома». Поселение, основанное в 1626 году первоначально носило название Чалнинский починок. Позднее Береговые, Бережные и, наконец, Набережные Челны.

Село основано в 1626 году общиной крестьян-елабужан во главе с Федором Поповым, которые от воеводы Семена Волынского получили разрешение перейти на левый берег Камы и поселиться в Уфимском уезде рядом с Камой на двух речках – Чалне и Мелекесе.

Крестьяне, основавшие починок, являлись царской собственностью и в течение первых пяти лет были освобождены от платежей и повинностей, а затем были переведены на положение оброчных крестьян и до 1638 года платили в казну небольшой денежный оброк. С жившими здесь народами (ясачными башкирами, татарами, чувашами, марийцами) у переселенцев сложились хорошие отношения, однако они периодически подвергались набегам кочевников-калмыков.

Согласно переписи 1647 года в Чалнинском починке насчитывался 121 двор.

С середины XVII века Чалнинский починок стал называться селом Мыс. К этому времени в селе имелась деревянная церковь во имя пророка Илии^[1]. Основным занятием жителей было хлебопашество, покосы, скотоводство, рыбная ловля. В селе имелись водяные и ветряные мельницы, на которых мололи зерно в том числе и крестьяне ближайших сел. Кроме того, в селе имелись кабак, таможня, поварня (солеварня?).

В 60-80-е годы XVII века село оказалось в центре восстаний башкир, татар и других народов края.

В конце декабря 1773 года в село прибыла группа пугачёвцев во главе с есаулом Мусой Мукминовым и священником села Круглое Поле Ильей Дмитриевым, которая мобилизовала в своё войско 20 жителей села и взяла с жителей пять рублей.

На рубеже XVIII и XIX веков в селе было 240 дворов, в которых проживало 766 крестьян мужского пола и 873 – женского. Село являлось среди ближайших деревень и сел и входило в состав Мензелинского уезда Оренбургской губернии. Основным занятием жителей по-прежнему было хлебопашество. Кроме того, жители трудились и на челнинской пристане, расположенной в соседних Бережных Челнах. Грузчиками на пристани трудились и женщины, составлявшие целые артели. Корреспондент газеты «Уфимские губернские ведомости» в 1861 году писал, что в Челнах никого не удивляет, когда артели женщин, обыкновенно по четыре человека, раз за разом волокут тяжеленные кули по мосткам.

В 1834 году вместо деревянной церкви в селе была построена каменная Ильинская церковь^[2].

В 1865 году, при образовании Уфимской губернии, Мензелинский уезд был передан в состав этой губернии, к которой и относился вплоть до 1920 года. В 60-е года XIX века была образована Мысово-Челнинская волость с центром в селе Мысовые Челны. Кроме него в состав волости входили ещё 8 населённых пунктов: Бережные Челны, Орловка, Новотроицкое, деревни Сидоровка, Мироновка, Суровка, Шильнебаш, Тогаево.

После 1917 года Мысово-Челнинская волость вошла в состав Мензелинского кантона, а с 1921 года – Челнинского кантона ТАССР.

10 августа 1930 года соседнее село Набережные Челны Постановлением Президиума ВЦИК СССР было преобразовано в город. Волостная система управления была упразднена, и был образован Челнинский район. Мысовые (Красные) Челны вошли в его состав, утратив статус центра

В 30-е годы XX века храм в селе был закрыт, в нём устроили клуб. Окончательно он был снесён в 1978 году в связи с подготовкой зоны затопления Нижнекамской ГЭС